2012年11月10日，清华大学医学院基础医学系、药学系成立。新成立的科系将有利于推动清华大学医学和生命科学的发展。
据清华大学医学院常务副院长施一公介绍，基础医学系已获得基础医学一级学科硕士学位点。该系将按照转化医学的发展趋势，布局安排膜蛋白与重大疾病、表观遗传与癌症、干细胞与再生医学、神经科学与疾病、免疫与传染病等五个重点方向。新成立的药学系将定位于应用基础研究，按照新药研发多学科国际化的思路，联合化学系、生命学院、材料系等部分师资及科研资源，将重点在药物化学、肿瘤药理学、离子通道与痛觉药理学、药物制剂、药物递送以及实验教学等六个平台开展人才布局及引进工作。
清华大学医学院成立于2001年，目前已形成包括基础医学、临床医学、生物医学工程、药学、公共健康在内的五大学科门类。医学院下设基础医学系、生物医学工程系、药学系、公共健康研究中心，另有华信医院、玉泉医院以及在建中的北京清华医院作为附属医院，解放军总医院、积水潭医院等作为教学医院。