2011年11月16日上午，清华大学长庚医学发展研究院成立仪式在工字厅举行。基隆长庚医院院长程文俊，厦门长庚医院院长林孟志，清华大学副校长邱勇，清华大学医学院副院长、玉泉医院院长左焕琮共同为研究院揭牌。
清华大学长庚医学发展研究院由清华大学和（台湾）长庚医疗财团法人、厦门长庚医院合作成立，三方将进行临床医学、基础医学、技术开发、医学管理等方面的交流与合作，培养高素质、高水平的医学人才，开展高层次的生命科学和医学科学研究。
成立仪式上，清华大学副秘书长王进展宣读了学校关于成立“清华大学长庚医学发展研究院”的决定，邱勇、程文俊、林孟志分别代表三方签署了合作协议。
邱勇代表清华大学对研究院的成立表示祝贺，并感谢长庚医疗体系对清华大学发展医学学科给予的支持。他指出，清华大学长庚医学发展研究院的成立，标志着双方的合作进入了新的阶段，不仅能够保证临床医学的高水平、可持续发展，同时为清华大学基础医学和生命科学学科的发展提供了很好的支撑。清华在新百年的发展中高度重视医学的发展，希望双方的合作不断往前推进，取得更大的成绩。
据悉，目前正在建设中的北京清华医院得到了台湾长庚纪念医院的大力支持，在此基础上成立清华大学长庚医学发展研究院，进一步密切了双方的合作关系。清华大学长庚医学发展研究院依托清华大学医学院，实行理事会领导下的院长负责制，聘请程文俊教授为首任院长。研究院作为培养医学人才的教学和研究机构，尤其注重培养心脏内科、肿瘤治疗、整形外科、器官移植、临床护理、医学管理等领域的人才。
成立仪式上，邱勇还向聘请的程文俊、林孟志等10名台籍客座教授、兼职教授（副教授）颁发了聘书。