2009年9月1日，国家自然科学基金委员会增设医学科学部。在分管委主任沈岩院士领导下，医学科学部与人事局、政策局积极开展医学科学部专家咨询委员会组建工作。9月27日，委务会议审议通过了医学科学部第一届专家咨询委员会委员组成名单。10月19－21日，医学科学部第一届专家咨询委员会成立大会暨第一次会议在贵州省贵阳市召开。
至此,国家自然科学基金委员会下设科学部的数目达到了8个。全新的医学科学部将遵循在科学研究领域自由探索和国家需求导向“双力驱动”的规律基础上,提倡以防病控病为目标,侧重基础研究和人才培养,注重与国际同类研究接轨和合作,推动具有我国特色的中医药和原创性研究的开展,提高我国医学科学基础研究和应用基础研究水平。
据国家自然科学基金委员会主任陈宜瑜介绍,之所以设立医学科学部,是为了适应当前医学科学前沿发展的趋势,即以人为主体,将医学科学从生命科学中独立出来进行研究;更是党和国家关注民生,不断提高人民群众健康保障水平,促进经济和社会全面协调可持续发展的重大举措;此外,从优化自然基金委的学科组织结构与内部管理水平来看,近年来,生命科学部无论在申请项目数量和资助金额数目方面,均已占到总申请项目数和总资助金额的近1/3,有必要设立专门的机构来支持医学创新能力的提升。
据悉,科学的申请代码体系、健全的专家评审系统、完善的管理队伍是医学科学部职责的核心和关键。