2000年4月3日，北京医科大学与北京大学正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更名为北京大学医学部，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任北京大学常务副校长并兼任医学部的主任。2003年，肿瘤分子生物学专家柯杨教授任北京大学医学部常务副主任至今。
经过95年的建设与发展，北医形成了“勤奋、严谨、求实、创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热忱献身的服务精神”的校风。
今日的北医--这所由中国政府创立的第一所医学院校，在国家的大力支持下，正大鹏展翅，实现着她自己的最高目标：尽其所能，为了人类健康事业的发展，创造世界一流的医学教育事业。